在這潮濕悶熱，煙霧瀰漫的城市里，這幾個無心獨眠的靈魂，相互糾纏，在苦悶難耐的生活中，尋找相互慰藉的心，深夜夢醒時，可以對望的眼睛……
其中一個外勞拉旺，對重傷的小康，照顧得無微不至，清洗、喂食，都不辭勞苦的細心照料。
同樣的地區，另一個生命也正在照顧著一個無法自理的生命。茶室女佣琪琪，除了茶室工作外，同時也得照顧老闆娘的植物人兒子，日以繼夜的沉悶工作，使得她麻木不堪。
當小康逐漸恢復健康後，他邂逅了琪琪，同時也吸引了狼虎之年的茶室老闆娘。於是在這潮濕悶熱，煙霧瀰漫的城市里，這幾個無心獨眠的靈魂，相互糾纏，在苦悶難耐的生活中，尋找相互慰藉的心，深夜夢醒時，可以對望的眼睛……
經過《天邊一朵雲》的情色氾濫，蔡明亮這次回鄉（馬來西亞）拍攝的這部《黑眼圈》情色指數大減，但對情慾和感情的描述，顯得更細膩、精確。
比較戲里的兩段感情，小康和拉旺之間，似乎遠比小康和琪琪之間更顯得情深意重。
拉旺對小康的細心照料，看了都讓人覺得小康好幸福噢！反觀小康和琪琪卻是情慾味較重，他們三番四次地，從天橋底，到旅館，尋找共赴巫山的地方，最後終于在空蕩的建築物的蚊帳裡有所作為。
感覺上，似乎琪琪和小康之間是肉慾的需要，而拉旺則與小康是感情的依靠。有趣的是，無論是主動的流浪漢李康生，或是被動的植物人李康生，琪琪都是扮演著解決肉體性慾的角色。
母親借助琪琪的手，為兒子解決生理需要問題，而面貌相似的小康就代替兒子為母親以手代勞，為她消解慾火。感覺有點變相的亂倫，很耐人尋味。
還好他最後親吻的是小康的手，而不是陳舊的床褥，這多少也表明了他的心態。
至於小康和老闆娘之間的關係，由於小康和老闆娘兒子的長相如出一轍，所以就顯得格外曖昧。
他們之間的一段情慾戲，和琪琪替老闆娘兒子手淫那一段，可說得是遙相呼應，母親借助琪琪的手，為兒子解決生理需要問題，而面貌相似的小康就代替兒子為母親以手代勞，為她消解慾火。感覺有點變相的亂倫，很耐人尋味。
拍過九部電影的蔡明亮，在這部《黑眼圈》里，導演手法表現得成熟精練，由於蔡明亮的電影通常都很少對話，標榜的是「沉默是金」，因此鏡頭的運行、角度，色彩的運用，畫面的結構都成了敘事的工具。
比如以遠鏡頭拍攝在空曠建築物上獨自行走的外勞拉旺，又或者他在一湖積水邊獨自吃著午餐 ，就很有效的反映了他只身單影的寂寞。
漆黑骯髒的積水，空曠寂靜的建築，像是故事人物空虛，受困的心靈；無處不在的煙霧，是壓抑生命的環境，床褥是撿回來，很基本的生活需要，就像寂寞的人，基本的需要就是有個伴。
這部《黑眼圈》延續了蔡明亮作品一貫的陰暗沉靜，以靜制動的畫面。不同的是，這次，畫面增添了一些色彩，如昏黃的街燈，建築物里的陰藍色調，使得影片畫面更具有氣氛。
《黑眼圈》應該是蔡明亮至今最淺白的一部作品，但也極具意象，漆黑骯髒的積水，空曠寂靜的建築，像是故事人物空虛，受困的心靈；無處不在的煙霧，是壓抑生命的環境，床褥是撿回來，很基本的生活需要，就像寂寞的人，基本的需要就是有個伴。
《黑眼圈》雖然劇情簡單，節奏緩慢，但導演安排了很大的空間，任由觀眾細細咀嚼，慢慢領悟。
無動靜的畫面，似乎蘊含了深沉的寓意，讓人不由自主地凝視，觀察，搜尋。